Con una prima sala al piano terra, dedicata ad Anfibi e Rettili, la sezione faunistica si snoda poi al secondo piano con le vetrine degli Uccelli e ampi diorami degli ambienti naturali in cui gli uccelli e i mammiferi più rappresentativi della particolarmente ricca fauna locale sono esposti nei loro habitat: il fondovalle, il bosco, l’alta montagna. Sullo stesso piano sono esposti anche palchi e corna degli ungulati autoctoni della provincia di Sondrio con spiegazioni sulle differenze. Infine, il percorso espositivo del Museo termina con la Sala degli Insetti.